Der Begriff „Wohnsitz“ hat im Melderecht nichts zu suchen.
Ein Ehepaar muss keine gemeinsame Wohnung haben, um als „nicht dauernd getrennt lebend“ zu gelten.
Das Beispiel Deiner Bekannten macht das deutlich. Sie haben nach der Eheschließung (vorerst) keine gemeinsame Wohnung bezogen – jeder hat seine eigene Wohnung beibehalten und ist auch nicht in der Wohnung des anderen eingezogen – sie „besuchen“ sich nur gegenseitig.. Somit trifft Art. 15 „mehrere Wohnungen“ für sie überhaupt nicht zu – jeder nutzt nur eine Wohnung und ist deswegen melderechtlich auch nur mit „alleiniger Wohnung“ registriert.
Bei dir dürfte sich das etwas schwieriger gestalten. So wie du schreibst, nutzt ihre beide eine gemeinsame Wohnung als Hauptwohnung und eine weitere Wohnung als Nebenwohnung. Formal gesehen müsste jetzt einer von euch aus der Haupt- und der andere aus der Nebenwohnung „ausziehen“ und wäre dann jeweils mit einer Wohnung zu registrieren.
Das Ganze ist in letzter Konsequenz mehr als schwammig.
Mit der doppelten Haushaltsführung Einkommensteuerrecht hat die Zweitwohnung des ZWStRechts nicht viel zu tun, obwohl häufig die gleichen Begriffe verwendet werden.