- Bin ich verpflichtet Zweitwohnsitzsteuer zu zahlen, obwohl ich in HH nur zur Untermiete wohne und nicht als Hauptmieter eingetragen bin?

Ob die Steuer entrichten musst, ist völlig unabhängig, ob Miete, Untermiete, Unteruntermiete oder Eigentum. So wie du den Tatbestand schilderst (Lebensmittelpunkt Hannover), bist du ZWS-pflichtig. Mitunter wäre aber bei 5-Tage-Woche zu prüfen, ob dieser nicht doch in Hamburg liegt.

- Bin ich dazu berechtigt die Vorzüge der doppelten Haushaltsführung in Anspruch zu nehmen, falls ich keine Zweitwohnsitzsteuer zahlen müsste?

Die Anerkennung der doppelten Haushaltsführung erfolgt unabhängig. Dort spielt das Melderecht keine Rolle. Wenn sie aber akzeptiert wird, ist auch die Steuer ein Aufwand, der absetzbar ist.

- Kann ich für die Heimfahrten am Wochenende (nach Hannover) die 30 Cent Pendlerpauschale anrechnen lassen auch wenn das FA diesen Wohnsitz nachträglich nicht als Hauptwohnsitz anerkennt und wegen meiner Berufstätigkeit HH als Hauptwohnsitz definiert?

Du meinst vermutlich nicht die Pendlerpauschale (=täglicher Arbeitsweg), sondern die Entfernungspauschale für Familienheimfahrten. Hierzu kann ich nur sagen: die Wohnsitzfrage spielt dafür keine Rolle.

Wenn Du volljährig und ledig bist, ist berufsbedingt Dein vorwiegender Aufenthalt und damit Deine Hauptwohnung in Hamburg. Wo Du Deinen Lebensmittelpunkt hast ist in diesem Fall uninteressant.
Untermieter zählen in Hamburg keine Zwetwohnungsteuer. Ist in der Steuererklärung so vorhersehen.k