Gibt es Konsequenzen für meinen Mietvertrag in Berlin (der Vermieter sollte nichts davon erfahren)? Also kurz: Wie kommen wir am besten aus dieser Sache heraus und in die Befreiung rein? Ich weiß, es ist eine Menge, aber über Tipps wäre ich sehr dankbar.
Danke im voraus

Wenn der Vermieter davon nichts erfahren sollte ist wohl die einfachste Lösung die Zweitwohnungssteuer zu bezahlen, denn das Finanzamt richtet sich nach Beweis Mietvertrag.

Alternativ:
Einfacher allerdings mit dem Vermieter ein Gespräch führen und nur mit der Frau einen Mietvertrag mit dem Datum des Umzugs nach Brandenburg bestätigen.

Somit wäre die Frau Mieterin und könnte nicht besteuert werden.

Aber wahrscheinlich hätte ich bei der Brandenburger Anmeldung sagen sollen, dass nur meine Frau die Berliner Wohnung hält.

Das war vermutlich der Fehler, und ihr steht beide mit Nebenwohnung im Berliner Melderegister
Fehler sofort korrigieren und Nebenwohnung abmelden. Einspruch einlegen, sofern Frist noch läuft und Aufhebung des Steuerbescheids fordern. Wenn Frist abgelaufen, neue Steuerfestsetzung ab Datum der Abmeldung beantragen.
Der Mietvertrag ist vergleichsweise bedeutungslos.

Hinweis:
Die bloße Registrierung einer Wohnung als Nebenwohnung reicht für die Erhebung der Zweitwohnungsteuer nicht aus. Hinzu kommen muss u.a., dass die als Wohnung gemeldete Raumeinheit tatsächlich von der gemeldeten Person bewohnt wird.

Den Vorschlag von Rebell würde ich mit Vorsicht genießen.

Ich fasse die Frage mal mit eigenen Worten zusammen: Ihr habt vor vielen Jahren gemeinsam eine Wohnung in Berlin gemietet und bezogen. Soweit so gut. Nun habt ihr gemeinsam eine neue Wohnung in Brandenburg gemietet und auch diese bezogen. Somit seid ihr beide in beiden Wohnungen gemeldet - und habt aufgrund eures Lebensschwerpunktes Brandenburg als Hauptwohnung und Berlin als Nebenwohnung angegeben. Und weil ihr das als Ehepaar macht, hat man das bei euch beiden gleichermaßen auch vollzogen. Ich kann hier der Verwaltung keinen Fehler attestieren.

Du sprichst von "Arbeitswohnung", doch diesen Begriff gibt es formell nicht. Du willst vermutlich auf das 2005er Urteil hinaus, dessen Leitsatz wie folgt war:

Die Erhebung der Zweitwohnungsteuer auf die Innehabung von Erwerbszweitwohnungen durch Verheiratete stellt eine gegen Art. 6 Abs. 1 GG verstoßende Diskriminierung der Ehe dar.

In diesem Streitfall ging es darum, dass ein Partner zum Zwecke des Erwerbs eine zweite Wohnung inne hat. Das ist, so wie du es schilderst, auch tatsächlich der Fall. Nur ihr seid da beide noch gemeldet - und folglich würde ich als Verwaltung auch nicht von einer Erwerbszweitwohnung ausgehen, wenn beide Partner da drin wohnen.

Die Lösung hat Alfred schon anskizziert: du bist aus der Berliner Wohnung ausgezogen - und meldest diese Wohnung ab. Du wohnst ja da nicht mehr, sondern nur noch deine Frau. Sofern es noch klappt: rückwirkend. Sonst erklärst du unmittelbar deinen Auszug. Rein formell solltest du dann auch keine Einrichtungsgegenstände mehr haben. (Gehört dann halt alles deiner Frau)

Was ein Problem sein oder werden könnte, wenn diese Erwerbszweitwohnung deiner Frau überdurchschnittlich groß ist. Im Rahmen der doppelten Haushaltsführung werden in der Regel nur Wohnungen bis 60qm als ausreichend angesehen. Einen ähnlichen Maßstab könnten Kommunen hier anlegen. Erfahrungen habe ich keine. Aber als Kommune würde ich bspw. schon fragen, was eine Person bspw. in einer 90qm-Butze alleine macht, wenn diese nur für den Erwerb dient... Und wenn das zum Problem wird, hilft nur Untervermietung.

Gibt es Konsequenzen für meinen Mietvertrag in Berlin (der Vermieter sollte nichts davon erfahren)?

Nein. Wenn zwei Leute eine Wohnung mieten, müssen nicht beide einziehen. Du könntest ggf. um die Reduzierung der Nebenkostenabschläge bitten (weil statt zwei Personen 7 Tage, nur noch 1 Person 4 Tage da Wasser etc. nutzt). Bei Untervermietung gelten die Spielregeln für Untervermietung (Vermieter vorher fragen - der muss genehmigen, außer er benennt konkrete Gründe in Persona des Untermieters).