Ob Du in München Zweitwohnungsteuer zahlen musst oder nicht, hängt in Deinem Fall derzeit ausschließlich davon ab, ob Du Dich dort mit Nebenwohnung melden musst. Der Mietvertrag bzw. die Wohngemeinschaft spielt keine Rolle.
Ab 1.1.2009 kommt hinzu, dass die Summe Deiner positiven Einkünfte 25.000 EURO (jährlich!) übersteigen muss.
Die Angabe vor"vor kurzem" ist nicht gerade präzise, aber:
Vor einer evtl. Anmeldung mit Nebenwohnung solltest Du prüfen, ob Du wirklich in der Wohnung bleiben willst. Falls Du eventuell Dein Zimmer in der Wohngemeinschaft doch nicht beibehalten willst, und noch etwas Besseres suchst, kannst Du Dich in diesem Fall auf Art. 22 - Ausnahmen von der Meldepflicht - Abs. 2 - des bayer. MG berufen:
"Einer Meldepflicht nach Art. 13 Abs. 1 und 2 unterliegt nicht, wer
1. in der Bundesrepublik Deutschland nach Art. 13 oder nach Art. 20 gemeldet ist und zum Zweck eines nicht länger als zwei Monate dauernden Aufenthalts eine weitere Wohnung bezieht, oder
2. sonst im Ausland wohnt und sich als ausländischer Saisonarbeitnehmer nicht länger als zwei Monate in Deutschland aufhält.“
Solltest Du Dich demnach erst nach dem 1. November mit Nebenwohnung anmelden müssen, beginnt die Steuerpflicht erst am 1.12.2008.
Gruß
Christian

WG ist kein Ausschlußkriterium, warum du nicht zahlen müßtest. Im Falle des Falles würde die Wohnung mußt du aber nicht für die ganze Wohnung blechen, sondern lediglich für den von dir genutzten Teil (Dein Zimmeranteil plus anteilig die gemeinsamen Flächen).