» Hallo,
»
» ich bin berufstätig und habe meinen Hauptwohnsitz bei meiner Arbeitsstätte
» gemeldet. Meinen Nebenwohnsitz habe ich bei meiner Mutter in München
» gemeldet.

Wozu eigentlich Nebenwohnsitz >
Wenn Du Deine Mutter besuchst - hat doch Deine Mutter bestimmt ihre eigene Wohnung inne. Du kannst doch Deine Mutter so oft und solang besuchen wie es nach Deinem Willen geht.
Wer hat Dir denn diese Konstellation empfohlen >
So wie Du es beschreibst bist mit Sicherheit dort falsch gemeldet, es ist doch nicht Deine Wohnung >
Am besten bei der Stadt diese Meldung korrigieren !

Hier ein paar Bemerkungen zu Deinem Beitrag sowie zu den Gewohnheiten kommunaler Bediensteter:

1. Vergesse bitte den „Wohnsitz“ in all seinen Varianten – das verwirrt nur. Wenn irgendwelche Leute das vorturnen, muss man es ja nicht nachmachen. Richtig ist hier ausschließlich „Haupt-„ und „Nebenwohnung“. Alles andere ist Geschwurbel.
2. Ich kenne den Vordruck der Stadt München zur ZWSt-Erklärung nicht. § 2 Abs. 2 Satz 1 der Münchener ZWSt-Satzung lautet „Zweitwohnung im Sinne dieser Satzung ist jede Wohnung die melderechtlich als Nebenwohnung erfasst ist.“ Das führt zwar direkt zur Verfassungswidrigkeit der Satzung und verstößt auch sonst gegen Bundesrecht, das interessiert in BY aber kein erkennendes Gericht und ist in Deinem Fall ohne jede Bedeutung. Lassen wir also stehen: Deine Nebenwohnung soll eine Zweitwohnung sein.
3. Richtig ist, dass Du diese Wohnung „innehaben“ musst. Das hast Du nur, wenn Du die tatsächliche und rechtliche Verfügungsgewalt bezüglich dieser Wohnung hast. Das könnte z.B. der Fall sein, wenn Du gemeinsam mit Deiner Mutter Eigentümerin oder Mieterin der Wohnung wärst oder in der Wohnung ein Zimmer von Deiner Mutter gemietet hättest. Einen Automatismus in dem Sinn „Kind hat bei der Mutter die Wohnung inne“ gibt es nicht. Du hast, so vermute ich mal, die Nebenwohnung nicht inne. Wenn du die Wohnung nicht innehast, kannst Du auch nicht zur ZWSt herangezogen werden
4. Was „Innehaben“ bedeutet, sollte inzwischen sogar der bayer. VGH verstanden haben.
5. Das Einkommensteuerrecht hat mit dem Zweitwohnungsteuerrecht nur am Rande was zu tun. Lebensmittelpunkt bei der kranken Mutter ist zumindest gerichtlich wohl kaum zu beanstanden, spielt für die ZWSt aber keine Rolle.
6. Melderechtlich scheint die Registrierung mit Nebenwohnung in München und Hauptwohnung am Ort des Arbeitsplatzes richtig zu sein.
7. Was bleibt zu tun> Die Steuererklärung solltest Du auf jeden Fall abgeben – darauf hat die Stadt Anspruch. Da ich den Vordruck nicht kenne kann ich nicht konkret sagen, was Du zu tun hast. Irgendwo musst Du den Satz unterbringen:
“Ich habe diese Nebenwohnung nicht inne. Ich nutze sie ohne jede rechtliche Absicherung, nur geduldet von meiner Mutter.“
Angaben zur Wohnung selbst, Größe, Höhe der Miete, Baujahr usw. solltest Du nicht machen, das stünde nur Deiner Mutter zu. Den Mietvertrag Deiner Mutter oder vglb. Dokumente solltest Du keinesfalls vorlegen. Sollte die Stadt diesbezüglich was wissen wollen, hat sie sich gefälligst - mit einer guten Begründung - an Deine Mutter zu wenden. Es gibt so was wie ein Recht auf informationelle Selbstbestimmung (auch bei Müttern).
Danach kannst Du in Ruhe abwarten wie die Stadt reagiert. Die einzig rechtlich zulässige Reaktion wäre die Mitteilung im Sinne von: „Sie sind nicht steuerpflichtig“. Aber Du weißt nie, was passieren wird, wenn Du es mit der öffentlichen Hand zu tun hat, die Dir in die Tasche fassen will. Sollte also etwas anderes kommen: Hier wieder nachfragen.
8. Den Beitrag von "Rebell" einfach nicht beachten.

Bis hierher noch Fragen>