Vermutlich wird dir für den Fall niemand die ultimative Lösung geben, da es ein Einzelfall ist. Zunächst die Definition in der Satzung, was eine Wohnung ist:

Eine Zweitwohnung ist jede Wohnung, die melderechtlich als Nebenwohnung erfasst ist oder die jemand neben seiner Hauptwohnung für seinen persönlichen Lebensbedarf oder den persönlichen Lebensbedarf seiner Familienmitglieder innehat. Eine Wohnung verliert die Eigenschaft einer Zweitwohnung nicht dadurch, dass sie vorübergehend anders genutzt wird.

Da eine Wohnung in sich eine abgeschlossene Einheit ist, wird es unbestreitbar sein, dass es zwei Wohnungen sind. Es müsste baurechtlich ein Zusammenlegen passieren. Praktisch könnte man ja einen Durchbruch machen - und die Tür verschließen. Ob sich das mit Hinblick der Steuer dann lohnt, steht möglicherweise auf einen anderen Blatt.

Mir fallen nach der Recherche folgende Argumente dagegen ein:
Keine Nebenwohnung da Arbeitszimmer

Ein Arbeitszimmer deutet begrifflich schon darauf hin, dass es ein Teil einer Wohnung ist. Es müsste schon die ganze Wohnung so sein, dass sie nicht dem Lebensbedarf dient. Also Büro. Das könnte von der baurechtlichen Nutzung ggf. schwieriger sein (Wenn der Vermieter Wanddurchbrüche erlaubt, sollte das wohl kein Thema sein), eventuell auch ein Thema von Zweckentfremdung. Da kenne ich Darmstadt / Hessen nicht. In Berlin wäre dass ein Fall, dass Wohnraum nicht zum Wohnen genutzt wird.

keine Meldepflicht da nicht als Wohnraum genutzt,

Es ist baurechtlich erst einmal Wohnraum. Und du nutzt ihn für deine persönlichen Lebensbedarf, auch wenn das eher ungewöhnlich ist (Lager, Waschküche, ...).

Keine Meldepflicht da unter selber Anschrift,

Es gibt Kommunen, die keine Zweitwohnungsteuer bei selber Anschrift erheben, in Darmstadt finde ich die Ausnahme nicht. Das Melderecht kennt im Zusammenhang mit der Meldepflicht den Begriff der Anschrift nicht.

zwar zwei Wohnungen aber ein Haushalt

Der Begriff Haushalt taucht auch im Melderecht nicht in diesem Zusammenhang auf.

Notfalls könnten meine Partner die Wohnung anmieten und scheidet aus dem aktuellen Vertrag aus. Zwei Wohnungen, zwei Mieter. Wir sind nicht verheiratet.

Wenn jeder Partner für sich nur eine Wohnung innehat (beginnend beim Mietvertrag) und ihr euch da gegenseitig "besucht", also folglich die alleinige Wohnung ist, könnte das ein Ansatz sein.

Wie die Stadt damit umgeht, kann ich dir nicht sagen. Also ob sie das gar nicht interessiert, wenn das zwei Wohnungen sind - weil sie euch ja im selben Gebäude erreichen kann.