Nur der Ordnung halber: In Halle warst Du mit Haupt- und in München mit Nebenwohnung registriert. Vermutlich melderechtswidrig, aber darauf kommt es ja keinem an. Auch nicht darauf, ob man Student, Werktätiger, Auszubildender oder sonst was ist, aber darauf kommt es ja auch keinem an. Papier war geduldig.

» Nun steht die Frage im Raum wie verhalte ich mich richtig>
Geht gar nicht. Du spielst nämlich gerade eine Rolle in einer Schmierenkomödie, Titel "Die ZWSt im Lande der Bayern".

» Mir ist relativ klar, dass ich die ZWst. für den Zeitraum von 12/2009 bis jetzt zahlen muss.
Nicht zwangsläufig. Fällt z.B. überhaupt nicht an, wenn die Nebenwohnung in M. Deine Erstwohnung war (was ich vermute). da gibt es so viele Möglichkeiten, saubere, dreckige und legale.

» Ich werde auch jetzt schnellstens den Zweitwohnsitz in
München abmelden.
Melde Deine Nebenwohnung ab, aber pass auf, dass Du dabei keinen Fehler machst.

» Kann mir im nachhinein noch ein Strick aus der vergessenen Abmeldung in München gedreht werden>
Immer, wen der gemeine Bürger sich gesetzwidrig verhält, kann die Staatsmacht ihm einen Strick daraus drehen – in diesem Fall ein Bußgeld verhängen.

» Oder wird hier die Dauer des Zweitwohnsitzes zu
grunde gelegt (12/2009 - bis jetzt).

» Ich habe zwar seit 06/2010 keine Wohnung mehr in München, aus dem Mietvertrag ist aber auch kein Ende ersichtlich.
Muss auch nicht. Da gibt es:
- Übergabeprotokoll bei Auszug>
- Auskunft/Bestätigung des Vermieter,
oder … oder. ..

» wie wohl auch meine Steuererklärung>
Die Du sehr sorgfältig lesen solltest, bevor Du sie ausfüllst. Jede Frage kann eine Fußfalle sein.

Ist damit das Brutto- oder Nettojahreseinkommen gemeint>
„Wenn die Summe der positiven Einkünfte des Steuerpflichtigen nach § 2 Abs. 1, 2 und 5a des Einkommensteuergesetzes (EStG) im vorletzten Jahr vor Entstehen der Steuerpflicht 25.000 € nicht überschritten“ ist man in Bayern arm und kann auf Antrag von der Steuerpflicht befreit werden. So will es das Gesetz.